| Datum | Zeit | Runde | Heim | Gast | |
| 06.08.2025 | 20:00 | 1. Runde | FC Luzern U-21 | FC Basel U21 | 1:1 |
| 09.08.2025 | 15:30 | 2. Runde | FC Basel U21 | FC Zürich U21 | 4:4 |
| 16.08.2025 | 17:00 | 3. Runde | FC Bulle | FC Basel U21 | 2:3 |
| 23.08.2025 | 17:00 | 4. Runde | FC Grand-Saconnex | FC Basel U21 | 1:1 |
| 30.08.2025 | 15:30 | 5. Runde | FC Basel U21 | FC Paradiso | 5:0 |
| 06.09.2025 | 17:00 | 6. Runde | BSC Young Boys U-21 | FC Basel U21 | 0:0 |
| 13.09.2025 | 15:00 | 7. Runde | FC Basel U21 | FC Bavois | 1:4 |
| 20.09.2025 | 15:30 | 8. Runde | FC Basel U21 | FC Biel-Bienne | 1:3 |
| 28.09.2025 | 14:00 | 9. Runde | FC Basel U21 | FC Lugano U21 | 3:2 |
| 05.10.2025 | 15:00 | 10. Runde | FC Schaffhausen | FC Basel U21 | 1:6 |
| 11.10.2025 | 15:30 | 11. Runde | FC Basel U21 | FC Lausanne-Sport U21 | 2:1 |
| 18.10.2025 | 18:00 | 12. Runde | FC Kreuzlingen | FC Basel U21 | 2:2 |
| 25.10.2025 | 15:30 | 13. Runde | FC Basel U21 | SC Cham | 3:0 |
| 01.11.2025 | 17:30 | 14. Runde | SC Kriens | FC Basel U21 | 3:2 |
| 08.11.2025 | 15:30 | 15. Runde | FC Basel U21 | FC Breitenrain | 0:0 |
| 15.11.2025 | 17:30 | 16. Runde | Vevey-Sports | FC Basel U21 | 2:1 |
| 22.11.2025 | 15:30 | 17. Runde | FC Basel U21 | SC Brühl St. Gallen | 2:2 |
| 14.02.2026 | 15:30 | 18. Runde | FC Basel U21 | FC Luzern U-21 | : |
| 21.02.2026 | 00:00 | 19. Runde | FC Zürich U21 | FC Basel U21 | : |
| 28.02.2026 | 15:30 | 20. Runde | FC Basel U21 | FC Bulle | : |
| 07.03.2026 | 15:30 | 21. Runde | FC Basel U21 | FC Grand-Saconnex | : |
| 14.03.2026 | 00:00 | 22. Runde | FC Paradiso | FC Basel U21 | : |
| 21.03.2026 | 15:30 | 23. Runde | FC Basel U21 | BSC Young Boys U-21 | : |
| 28.03.2026 | 00:00 | 24. Runde | FC Bavois | FC Basel U21 | : |
| 05.04.2026 | 15:00 | 25. Runde | FC Biel-Bienne | FC Basel U21 | : |
| 11.04.2026 | 00:00 | 26. Runde | FC Lugano U21 | FC Basel U21 | : |
| 18.04.2026 | 00:00 | 27. Runde | FC Lausanne-Sport U21 | FC Basel U21 | : |
| 18.04.2026 | 15:00 | 28. Runde | FC Lausanne-Sport U21 | FC Basel U21 | : |
| 25.04.2026 | 15:30 | 29. Runde | FC Basel U21 | FC Kreuzlingen | : |
| 02.05.2026 | 16:00 | 30. Runde | SC Cham | FC Basel U21 | : |
| 09.05.2026 | 15:30 | 31. Runde | FC Basel U21 | SC Kriens | : |
| 16.05.2026 | 00:00 | 32. Runde | FC Breitenrain | FC Basel U21 | : |
| 23.05.2026 | 16:00 | 33. Runde | FC Basel U21 | Vevey-Sports | : |
| 30.05.2026 | 16:00 | 34. Runde | SC Brühl St. Gallen | FC Basel U21 | : |